Alfredo Pérez Rubalcaba va néixer a Solares (Cantàbria) l’any 1951, fill d’Alfredo Pérez i de María Dolores Rubalcaba. Madrileny d’adopció, va estudiar al Col·legi del Pilar i a la Facultat de Químiques de la Universitat Complutense, on es va doctorar el 1978 amb premi extraordinari, amb una tesi sobre estereoselectivitat en reaccions orgàniques. L’any 1979 es va casar amb la Pilar Goya, a qui va conèixer a la Universitat.
Universitat, atletisme i primers passos polítics
Ben aviat, compagina tres activitats que seran les seves grans passions: la docència de la Química, la política i la pràctica de l’atletisme. El 1974 inicia la carrera docent com a professor de Química orgànica i activitat investigadora que completa a les universitats de Constança (Alemanya) i Montpeller (França). Amb la mateixa dedicació meticulosa amb què desenvolupa la seva tasca a la universitat, practica l’atletisme en la modalitat de velocitat. Tot i que una lesió precoç li impedís seguir endavant, el 1971 aconsegueix córrer els 100 metres en 10,9 segons i, un any més tard, els 200 metres en 22,4 segons, unes marques més que notables per a un esportista universitari i de les quals sempre se’n va declarar molt orgullós. Al llarg de tota la seva vida va mantenir l’afició per l’esport, en especial per l’atletisme i el futbol. El seu esperit analític i racional convivia amb una passió pel Reial Madrid que mai no va ocultar.
Aconsegueix córrer els 100 metres en 10,9 segons, una marca més que notable per a un esportista universitari
També el 1974 inicia la seva activitat política, dins i fora de la Universitat. En l’àmbit acadèmic, ben aviat esdevé un referent del moviment del Professorat No Numerari (PNN), el qual lluitava pels drets laborals d’aquest col·lectiu, advocava per l’autonomia universitària i participava en les demandes de democràcia i llibertat de tota la societat. Aquell mateix any s’afilia al PSOE, on participa en les comissions sectorials d’Ensenyament i Recerca.